和泉守との確執も解けて芽吹いた感情に気付き始める審神者。ようやく日常を取り戻したかのように思われたが——不慮の事故で審神者が“元いた世界”へと戻ってきてしまう。そこは“時の政府”も“刀剣男士”も存在しない平穏で平和な世界。審神者の能力も失い空虚感に苛まれる審神者だった少女は、芽吹いた感情の正体を知る事になり——。