『前回までのあらすじ』
小学校二年生の時木之本すみれある日、クロウ・リードの娘であるリディア・リードが創ったリディアカードを吹き飛ばして「封印の女神」アップルティーアを目覚めさせてしまいます。そのことからカードキャプターとしてリディアカードを捕まえる日々が始まります。無事にカードをすべて集めて「審判者」ルナにカードの主になることを認めさせました。
しかしカードをすべて集め終わったのに不思議な事件が起き、自分だけのカードに変えていきます。
それを引き起こしていたのはリディア・リードの生まれ変わりの楓野アリア。彼女はすみれのことを思ってそれを引き起こしていたのでした。すべてが終わった後に小龍に告白され、すみれは晴れて彼と付き合うことになりました。
四年生の時にはクロウカードを三つ子の妹のさくらが吹き飛ばしてしまい、彼女の手伝いをすることに。
カードが集まった時に何が起きるのか理解しつつもそれを黙っていることに少しだけ心が痛むすみれ。
だけどその心配をよそにさくらは着実にカードを集めていきます。
五年生の時にカードを集まった彼女は雪兎がユエということにショックを受けますが、観月先生の力を借りて、クロウカードの主として認められることになったのでした。
平和な日々が訪れることをうれしく思うすみれだが、人や物が消える事件が起きる。
それは53枚目のリディアカードの仕業ですみれの持つカードが次々と奪われることに。
しかし封印するとすみれの大事な思いが奪われるということをアリアから聞くすみれ。
消えてしまった人たちを取り戻すためにすみれは封印を決意し、彼女は53枚目のカードの封印を実行。
一番大事な思いをまだ魔力が残っていた小龍が奪われかけますが、すみれが創ったカードで何も奪われませんでした。
さて夏休みが開け、新学期。すみれたちのまえに新たな人たちが現れます。