地球（テラ）。
美しき私たちの星。
その星は人類文明の発展により、自然環境の破壊と汚染によって、人の住めない星となってしまった。
追い詰められた人類は特殊政府体制──スペリオルドミネーションの名のもとに荒廃した地球（テラ）を離れて宇宙に新天地を求めた。
このスペリオルドミネーション、通称SD体制。機械による完全生命管理が始まると西暦はSDに変更されることとなる。
SD体制が始まって以来、人類の中からサイオンを持つ超能力者─ミュウが現れることとなった。ミュウは判明した途端即座に抹殺されるが、生き延びた一部の者は長ソルジャー・ブルーと副長プロテクター・セレーネを先頭に雲海の美しき船の中に生き延びていた。