ゼロ式は旧日本海軍が採用した兵器の型式名が元ネタかと思います。
戦前の日本は皇紀という、日本書紀に記されている神武天皇(初代天皇)即位の年(西暦の紀元前660年にあたる)を元年として起算した、独自の紀元表記を使っていました。

たとえば三菱零式艦上戦闘機は昭和15年制式採用のため、昭和15年 = 皇歴2600年の下2桁をとって零式と呼びました。ほかにも零式観測器などがありました。

ちなみに陸軍は、海軍への対抗意識からか零式とはせず、昭和15年制式採用のものは100式と呼びました。