『・・・次のニュースです。
今月12日に帰還した、日本初の月面探査衛星「れいめい」が月で発見した隕石が、何者かによって盗難されました。「ハイド・ジーン」と命名されたこの隕石は、内部に未知の生物の肉片と思われる物体が発見された事で、地球外生命体の存在を立証する可能性のあるものとして話題になり、千葉県の国立抹原科学研究所で研究が進められていましたが・・・』



2004年。
小笠原諸島の海を進む一隻の船のラジオが、昨夜起こった隕石盗難事件について伝えていた。
操縦室には船の操縦者以外に1人の男が椅子に座っており、その隣の机の上には黒い一つの箱が置かれている。



「・・・これはまさに、ブラックボックスと言うわけか。だが、私は必ず解き明かしてみせる・・・『あの子』を、取り戻す為に・・・！」
「ええ。必ずやり遂げましょう・・・抹原博士。」



謎の箱に手を添えながら1人の男が呟き、操縦者の男がその呟きに答える。
船の行き先、それは小笠原諸島の最南端の小さな島・「神島」であった・・・





特別編・完