飛行場の近くにある貧民街で育ったアルビノ兄妹の兄、璃音は、いつか空を飛ぶ日を夢見ながらも、妹、詩音の薬の為に、違法廃棄場でレアメタルを集める仕事をしていた。詩音の状態が思わしくないある日、実験の被験者として謎の組織にさらわれてしまう。実験の内容とは、機械人形になること。機械人形を作り出す幸崎天音博士の実験動機が、実は孤独感から来ているのではないかと感付いた璃音は、詩音の行方も分からなくなったのも相まって、彼の孤独に寄り添うことを選んだ。一方で、機械人形に付けるオプション絡みで璃音の夢を聞いた幸崎博士は、璃音が自由を望んでいると勘違いした。璃音につけられたコードネームは、堕天使。天から堕ちて、人を堕とすモノ。翼持ち、空を飛べるようになってもなお幸崎博士から逃げなかった璃音は、彼の運命をも大きく変えていくことになる。