結論から言うと、自分は真5の世界は真3と異なる世界だと捉えています。
よく似てはいるが、異なる世界。

真5にも「東京受胎」「マガツヒ」など過去作に登場した言葉や建物の類は出てきます。
しかし、真5の世界は「ボルテクス界」でなく「ダアト（魔界）」となっており、マガツヒの性質など異なる設定もいくつかみられます。

また、真5は「ボルテクス界」「終の決戦」「マグネタイト」「カグツチ」「アマラ転輪鼓」「アマラ宇宙」といった、真3の世界を構成する言葉が出てきません。

そのため、真3とは別設定、別世界だと考えるのが筋かと思いました。

必ずしも、
言葉が登場しない＝存在しない、設定が異なる
というわけではないのですが。

別の理由としては、ナンバリングごとに設定が異なる可能性があり（真4Fの開発者インタビューより）。
商業的にも、真3の関連作あるいは続編であれば、そのように真5を宣伝するのではないか……？と考えました。


真5の舞台設定等を考える際は、過去作の要素を引っ張って考えるのでなく、あくまで作中に登場するキーワードや現象等から考察したりする方が良いのかも…？と思いました。