椚ヶ丘中学校3年E組、通称エンドのE組ではいつも通りのホームルームが始まろうとしていた。点呼が終わり、授業が始まる。そのはずだったが、教師の一言――新しい仲間が加わる、という一言に様々な質問が飛び交い教室は一気に騒がしくなった。
騒めきの中、教師の掛け声で教室の扉が開く。そこに居たのは、本校舎でトップレベルの成績に加え、品行方正の生徒副会長だ。

エンドのE組は、成績の悪化した者や校則違反者はこの「特別強化クラス」に送られる。
そんなものとは無縁の筈の生徒副会長が何故――？

※男主夢。暗殺教室 微原作沿い。
※詳しい設定は、設定資料に載せてます。よかったらご覧下さい。