ある日ガシャポンのモンスターボールを拾った主人公は、ポケモンの世界へ夢の中でトリップする。
現実に戻りたい主人公は、サトシ達と旅を共にして元の世界に戻してくれるポケモンを探す。しかし、そこには多くの困難が待ち構えており…