サトシたちは13歳。シンジは女の子。
シンオウの旅（当時10歳）が終わって、シンオウからカントーに戻ったジンダイさんとバトルして勝利を収めたシンジと偶然再会。
無意識にお互いを好きあっていたため、離れがたく思い2人で旅に出ることになる。
ライバル同士であるため反発しながらもお互いに高め合いながら旅をしている。
そのためレベルが上がる上がる。タブンネ倒した時の比じゃないくらいの経験値。
更にはお互いの内に秘める波動までもが反発しながら増大する始末。
その影響でポケモンの心の声が聞こえるようになった。
しかしそれはかなりまれなことで普段は聞こえない。

ゴウカザルのことがある分ポケモンの声を聞きたいとより強く思うのはシンジ。
そのためシンジの方が聞こえることが多い。でもさすがに伝ポケの声は聞こえない。むしろ相手の波動が強すぎて受け止められない。
しかし、それすらも受け止めてしまうのが我らがスーパーマサラ人ことサトシ。
伝ポケ？お前たちも普通のポケモンと変わらない！お前たちのはどうだって受け止めてやんよ！と男前に受け止めて心の声を聞いてしまう。
まァどの道サトシも（一緒に旅をしてサトシの影響を受けた）シンジもポケモンの心の声を聞いて理解しようと努力しているため、ポケモンたちに気に入られ懐かれまくる。
しかし2人ともこれだけのことができてちゃんとした波動が使えないという罠。サトシは人より使えるがちゃんとした指導を受けていないため使えないのと同義。

しかしまぁ、その分トラブルに突っ込んで行ったり、狙われたりすることが多くなるわけで今ではシンジも立派なトラブルメーカー。
そのため相乗効果が相まってポケモン、ひいてはトラブルホイホイに拍車がかかった。
最初は常識人だったシンジも（元から身体能力は常識を外れていたが）常識を逸脱しつつある。
今はちゃんとサトシのストッパーを冷静に引き受けているが、そろそろストッパーを降板するかもしれない。

まぁ、そんなこんなでポケモンやらトラブルやらをホイホイした結果、密猟やらが増えてレンジャー協会だけでは対処できていない現状を知る。
自分たちに何かできることはないかと考えた結果、ポケモン保護協会を設立。
サトシとシンジを中心にタケシやレイジ、ケンジやシゲル、各地方ヒロインや博士たちが協力。
サトシの人徳とシンジへの評価でジムリーダーや四天王、チャンピオンも協力。
レンジャー協会とも提携して無事保護活動を開始。活動は順調。
チャンピオンたちが協力してたこともあり有名だった保護協会が、目覚ましい活躍を見せ全国に知れ渡るようになる。
そのため保護区の立ち入り許可など様々な許可証をもらう。俗にいうチートってやつですよ。

そんな中、活動の一つとして密猟された卵を奪還。
サトシもシンジも見たことがない卵でシゲルたちに聞いてみるも、やはり見たことがないという。
まだ旅をしたことがない地方のポケモンなのか、あるいは新種のポケモンなのか。
いろいろと議論はあったが、密猟されたポケモンは生まれてくることを拒絶し、そのまま死んでしまうことが多く、卵を孵すことが最優先された。
しかし、何のことはなくその卵は無事に孵るのだが、たくさんの人間におびえ、暴れ出してしまう。
しかも、見たこともないポケモンで、人間側も混乱。
何とかポケモンをなだめることに成功したが、このポケモンをどうするか。
とにかく親の元にかえしてやろうという意見で一致。
しかしどの地方のポケモンかがわからない。
そんなときイッシュ地方のうわさを耳にする。
独自の生態系を持ったイッシュなら見たことがないポケモンがいてもおかしくはない。
そうしてサトシたちは卵から孵ったポケモンを親の元に返すべく、イッシュに向かうのである。



サトシとシンジ
13歳という若さにして4つ以上の地方を旅した経験に加え、バトルフロンティアを制覇。
その上、各地方ジムリーダーや四天王、チャンピオンからも実力を認められており、チャンピオンとも互角に戦える。
ポケモンたちからも愛されており、ポケモンマスターに最も近いトレーナーと言われている。
2人のバトルの腕も身体能力もほぼ互角。
けれどもまだまだ発展途上で実力不足だと言って努力を怠らないのだから末恐ろしい。
そのうちシロガネ山やテンガン山で生きる伝説になってしまうのではないだろうか。



ちなみに2人旅の内容は、サトシの別れたポケモンたちを探してもう一度ゲットしたり（家族があったり守らなければならないものがあったりするためその場所においてきたりはしているが）していた。
そのためいつでも協力してくれることになった。
ほかには今まで回ったジムなどに行ってもう一度ジム戦を挑んだり伝ポケたちと遊んだりバトルしたり、今まで回った場所を旅していた。
その先々でまたポケモンやらトラブルやらをホイホイしていろんな人から心配されたりしているが、トラブルメーカーの2人はそんなこと知ったこっちゃねぇ。
いい加減自重しろ。