───場所は変わり、荒野の奥深くにそびえる巨大な人工要塞。
無数のアンテナと発電炉、レールに乗ったドローン、監視カメラに護られたその場所───

　エッグマン基地。

　金属音を響かせながら、Dr.エッグマンはモニター室を悠々と歩いていた。

　「ウハハハハ！これでフェイズ３の起動も目前だ！ 全てがこの天才、エッグマン様の計画通りというわけだ！」

　複数のスクリーンに映るのは、開発中の新型兵器や、未だ解析中のエネルギー反応。
　そしてその一角───GUN本部の壊滅を知らせるニュースが流れている。

　「……ふん、GUNが壊滅？ まったく、自分たちで何とかできないようじゃあ、この世界を守る資格もないのう。ザマァない。」

　椅子にどっかりと腰を下ろし、モニターを一つ切り替える。

　「だが───誰がやった？」

　モニターに映るのは、壊されたGUNの出入口の衛星画像。
焦げ跡。破壊されたセキュリティ。確認できる残骸。
だが、映っている“犯人”の姿はなかった。

　「シャドウの仕業か……？　いや、アイツはむしろGUN側……ソニック？論外じゃ。あいつならセキュリティカメラに映る。」

　首をひねりながら、エッグマンはデータを検索し始める。

「ふむ……？何だ、これは……プロジェクト・シャドウの派生記録………"フェイリャ"…？ ほう、存在ごと抹消されていた資料か……」

　サングラスの奥で、エッグマンの目が細く光る。

　「なるほどなるほど……面白くなってきたぞ……！ まさか、爺がもう一体、あんなモノを隠し持っていたとは……！！」

　口元に不敵な笑みを浮かべ、両手を組む。

　「シャドウ、お前は知らないのか。自分の"兄弟"が何を始めたのかを。ワハハハハ……！」

　狂気と好奇心が混ざるその笑い声が、機械仕掛けの部屋に響き渡った。

　エッグマンはまだ───シャドウの容態を知らない。

　だが、世界の均衡が音を立てて崩れはじめていることだけは、確かに感じていた。