魔女戦争から１０年。世界は平和に満ちていた。


魔女と終身大統領を失ったガルバディア政府は、その実権をサイファーに握られていた。
しかし、そのサイファーもスコール達によって倒され、再びガルバディア政府は混乱の渦の中に陥った。
すかさず名乗りを挙げたのが、当時の副大統領ボルド・ヘンデルだった。


エスタの大統領ラグナ・レウァールによって宇宙に隔離されていたアデルが、その隔離装置と共に落下してから再び電波の使用が可能となり、ドールの電波塔を中心として各地に電波塔の建設が遂行された。
ここで大きな力を示したのが、ガルバディアの新しき大統領ボルド・ヘンデルとその息子、新しきガルバディアガーデンのマスターにして学園長のガルムだった。


ガルバディア軍のミサイル攻撃を受け壊滅したトラビアガーデンは、その後逞しい人々の手によって目覚しい復活を遂げていた。
新たなガーデンは勿論、そこを中心とした街も作られ、急速に発展していた。
エスタを筆頭に、ティンバーやバラム、F.H.、そしてシュミ族の人々までもがその復興に立ち上がったのだ。
その中心人物となったのが、アーヴァイン・キニアスとセルフィ・ティルミット。
いつでも明るい２人の周りには常に人々が集まった。


ガルバディアに支配を受け、独立を切望していたティンバーは今だその支配から逃れられずにいた。
レジスタンスの数は劇的に増え、その活動も大規模なものになっていた。
レジスタンス達の間では知らない者はいない『姫』と呼ばれる存在があった。
どんなミッションも『姫』に依頼すれば必ず成功する。そんな噂が広まり、『姫』を頼りにレジスタンスの輪は拡大していった。
『姫』には優秀な傭兵がついており、人々は彼を『騎士（ナイト）』と呼んだ。
…リノアとスコールである。


戦争終結後、再びバラムの地に戻ったガーデンはクレイマー夫妻により再び元の学園生活に戻った。
学園長にはかつて世界に震撼を走らせたイデア、そしてマスターにはその夫シドがそれぞれ就任した。
アルティミシアの支配から逃れ、元の優しいママ先生に戻ったとは言え、やはり生徒の中にはどうしてもなじむことのできぬ者もおり、２人の悩み所であったが、そんな生徒を宥め、また２人のよき理解者となったのが教官長のキスティス、副教官長のゼルだ。


F.H.では、人々は相変わらず創作意欲を燃やし、発展の一途を辿っていた。
あの当時、ギルガメッシュに飛ばされたサイファーはここである老人に釣り上げられ、一命を取り留めた。
夢を打ち砕かれ、半ば自暴自棄になっていた彼に声を掛けたのは意外な人物だった。
その者の望みとは？その者の正体とは…？
彼との出会いは、サイファーにとって第二の夢の始まりであった。