1990年、5年前のゴジラ襲撃後に採取されたゴジラの細胞片「G細胞」を巡り、アメリカのテロ組織「バイオメジャー」とサラジア共和国のエージェント「SSS9」との間で争奪戦が勃発。
そんな中、かつてバイオメジャーのテロ行為によって娘・英理加を失った白神源一郎博士は娘の遺伝子が入った薔薇の延命の為、政府から依頼されていた核を食べる微生物「抗核エネルギーバクテリア」の製作に着手、成功する。
しかし、抗核バクテリア製作の条件としてG細胞を自分の研究所で預かる事を政府に約束させた白神博士は薔薇にG細胞を組み込み、その結果薔薇はバイオ怪獣・ビオランテと化してしまう。
更に抗核バクテリアを狙ったバイオメジャーが政府への脅迫目的で三原山に設置した爆弾が誤作動で爆発し、ゴジラの封印までもが解かれる事態となった。
この事態に、「ヤングエリート」の異名を持つ自衛隊特殊戦略室が出撃。
特自の若きリーダーである黒木翔特佐はスーパーXの次世代機・スーパーX2の投入や、精神科学開発センター1のサイキック能力を持つ超能力少女・三枝未希の力も借りながらゴジラへの攻撃を開始するものの、それらを跳ね退けたゴジラは芦ノ湖でビオランテと闘い、これを退ける。
それから大阪に現れたゴジラはスーパーX2を破壊するも、体内に抗核バクテリアを打ち込まれ、若狭湾で「植獣体」への形態変化を遂げたビオランテと再度闘った後、ゴジラは抗核バクテリアの影響を受けて太平洋の海底で眠りに付き、英理加の意思を取り戻したビオランテは宇宙へと去って行った。
同時に白神博士もSSS9によって射殺され、抗核バクテリアを作る手段もまた失われたのだった。






1992年、突如2204年の未来からウィルソン率いる23世紀の未来人が来訪。
23世紀に活動を再開したゴジラによる日本の破滅を防ぐ為に、ゴジラの誕生自体を無くす事によってゴジラの存在を抹殺しようと提案。
後にゴジラとなる恐竜・ゴジラザウルスがラゴス島にいた事を突き止めていた本、「ゴジラ誕生」の著者となるライター・寺沢健一郎は、未来人の指定で未希らと共にタイムマシンで1944年のラゴス島へタイムスリップし、ゴジラザウルスをベーリング海にワープさせる歴史改変の目撃者となる。
こうしてゴジラの誕生は阻止され、ゴジラの存在は歴史から抹消されたが、その代わりに出現した超ドラゴン怪獣・キングギドラがウィルソンの手で日本を破壊し始めた。
寺沢は善良な未来人のエミー・カノーから、実はゴジラは23世紀になっても活動を再開しておらず、日本は世界一の超大国として君臨している事と、ウィルソン達の真の目的が20世紀の日本をキングギドラで破壊する事によって23世紀の日本の国力を下げ、そのまま20世紀の日本を支配する事であると告げられる。
寺沢がエミーとアンドロイド・M11と共にウィルソンの野望を阻止しようと動く中・・・運命はゴジラの退場を許さないとでも言うのか、違う機会で現代の放射能を浴びたゴジラザウルスは85・90年時以上の巨体となったゴジラとなり、キングギドラと網走平野で決戦。
エミーの機転で網走にワープされたウィルソン達はゴジラに葬られ、同じくゴジラに敗北したキングギドラも逃走の末にオホーツク海に沈む。
そのままゴジラが東京を襲う可能性が高いと分析したエミーは、自分の先祖である寺沢が生まれた日本を守る為に23世紀に戻り、オホーツク海の底で存命していたキングギドラにサイボーグ改造を施した「メカキングギドラ」に乗って、1992年の新宿へ再びタイムスリップ。
ゴジラとの激闘を経てゴジラの捕獲に成功し、小笠原海溝にメカキングギドラごとゴジラを追放する。
寺沢と、後に彼の妻となる森村千晶に見送られながら、エミーは23世紀に帰って行った。






1993年、隕石の落下によってインドネシア諸島の無人島・インファント島に謎の巨大物体が出現。
国家環境計画局から物体の調査を依頼されたトレジャーハンターの藤戸拓也は、元妻で東都大学環境情報センター所員の手塚雅子と共にインファント島へ行き、島で遭遇した妖精のように小柄な先住民族・コスモスからこの物体がコスモスの守護神怪獣・モスラの卵である事、約一万二千年前に気象コントロール装置を開発した人類に怒った地球生命が生み出し、装置を破壊した後に先代モスラによって北の海の氷の中に封印された破壊戦闘獣・バトラもまた、隕石の影響で目覚めている事を告げられる。
果たして目覚めていたバトラは、幼体の姿ながら名古屋を破壊した後に行方をくらまし、モスラの卵はインファント島の開発を担当する丸友観光の意向により、貨物船で日本に運搬する事となったが、その道中同じく隕石落下の影響で眠りを覚まされたゴジラが現れ、それを察して卵からモスラが誕生。
ゴジラはそのままモスラ幼虫、乱入して来たバトラ幼体と闘った末にバトラと共に海底火山の噴火に飲まれ、モスラはインファント島に逃げおおすも丸友の手で日本に連れ去られたコスモスの歌に導かれ、彼女達を助けようと日本へ向かう。
更に拓也が丸友からコスモスを奪取。雅子との復縁の資金の為にそのまま彼女達を外国の研究施設に売り渡そうとするが、未希のテレパシーでコスモスの歌を察知して居場所を突き止めた雅子と2人の娘・みどりによって制止され、悔い改めた拓也はコスモスをモスラに返す。
モスラは国会議事堂に繭を張って成虫となり、海底火山から抜け出し成虫となったバトラとみなとみらい21で不本意ながら戦いを開始するが、太平洋プレートのマントル内を渡って富士山から日本に舞い戻ったゴジラが乱入。
戦いの中でバトラはモスラと分かり合い、二体はタッグを組んでゴジラと極彩色の闘いを繰り広げた後、息絶えたバトラと共にゴジラはモスラによって、北の海の底に封印された。
それからモスラはバトラが本来行う筈であった、20世紀末に地球を襲う超巨大隕石の軌道を変える為にコスモスを連れて宇宙へ去って行き、拓也と雅子とみどりの新しい日々が始まったのだった。